女子中學生の黃葉菜花は8年前、家族が陥沒事故に巻き込まれ「死んだことがある」。偶然にも呼吸停止の狀態で発見され難を逃れたが、両親を亡くした。

何事も無く過ごしていた菜花だが、ある日、ユーレイが出ると噂の五行町のシャッター街へ同級生と行ったところ、一人妖怪だらけの街に紛れ込んでしまう。襲われる菜花の元に現れたのは摩緒という名の男と、その付き人・乙彌だった。大怪我をした菜花を治療した摩緒は、お前は妖（あやかし）だと指摘する。自分の世界に一人戻った菜花には超人的な力が目覚めていた。再び異世界の門を越えた菜花は、摩緒が陰陽師だと知り、彼と話すうちに幼少期の事故が化け物のせいだと思い出す。そしてこの世界が違う世界ではなく大正12年5月8日ということに気付く。それから、菜花が陥沒事故に巻き込まれたその日に起きた、関東大震災が近付いていく。