在「Iris・Zero」的設定中，所有孩子出生時便擁有一種叫作"瞳(Iris)"的能力，直至成人時才會消失，這種能力會根據不同的人就有不同表現。有些人可以預見今晚的晚餐會吃什麽，也有些人的"瞳"可以看得見過去甚至未來。但也有因為一些特例，那就是在出生時只是作為一名"普通"人而誕下來，沒有"瞳"的能力，這些人會被叫作"欠落者(Iris Zero)"。
　　本作的主人公水島透，因為沒有"瞳"而成為異類，童年時更因此而成為欺淩的對象，所以透決心實行低調政策，與外界隔絕，不和身邊的同學扯上關系，連同班同學的名字也沒有記住，打算低調地過上他的高中生活。但這種生活在透的高中二年級的某一天卻被打破了，在學園屈指可數的美少女佐佐森小雪突然向透"告白"，不要說低調了，這完全成為全校的焦點所在。原來，小雪的"瞳"的能力是能夠看見其他人頭上出現的○和×，從而選定誰是"合格"，而小雪正在找尋"合格"者組成她的學生會。就這樣，透的低調政策全面崩潰，並開始與其他各種各樣擁有"瞳"的學生扯上關系。

【8卷至42話】