自2005年6月起於《月刊少年ACE》上連載，由高橋修（高橋修）執筆，以遊戲《碇真嗣育成計劃》的校園篇為基礎改編的官方同人漫畫作品。至今仍未完結。 
居住在第三新東京市的中學生碇真嗣一直和身為人工進化研究所領導者的雙親生活，每天也和同為青梅竹馬的惣流·明日香·蘭格雷一起上學，以及和同學們一起打打鬧鬧。某天，真嗣在回家途中遇見了一位有著不可思議氣息的少女綾波麗，本來以為兩人只是單純見個面而已，真嗣卻沒想到她是母親碇唯的遠親，而且零還要住在他家！於是，圍繞著這群青少年的戀愛故事就這麽開始了……
【第7卷至第43話】